(一)裝載法定檢驗檢疫商品的進境集裝箱：檢驗檢疫機構受理 報檢 后，集裝箱結合貨物一并實施檢驗檢疫，檢驗檢疫合格的準予放行，并統一出具《入境貨物通關單》。經檢驗檢疫不合格的，按規定處理。需要實施衛生除害處理的，簽發《檢驗檢疫處理通知書》，完成處理后應 報檢 人要求出具《熏蒸/消毒證書》。
(二)裝載非法定檢驗檢疫商品的進境集裝箱和進境空箱：檢驗檢疫機構受理 報檢 后，根據集裝箱箱體可能攜帶的有害生物和病媒生物種類以及其他有毒有害物質情況實施檢驗檢疫，實施檢驗檢疫后，對不需要實施衛生除害處理的，應報檢人的要求出具《集裝箱檢驗檢疫結果單》;對需要實施衛生除害處理的，簽發《檢驗檢疫處理通知書》，完成處理后應報檢人要求出具《熏蒸/消毒證書》。
(三)應在進境口岸實施檢驗檢疫及監管的進境、過境集裝箱：
1、口岸結關的、裝載廢舊物品的以及國家有關法律法規規定必須在進境口岸查驗的集裝箱，口岸檢驗檢疫機構可根據工作需要指定監管地點對其集裝箱實施檢驗檢疫或做衛生除害處理。
2、對過境集裝箱，實施監管。經口岸檢查集裝箱外表發現有可能中途撒漏造成污染的，報檢人應按檢驗檢疫機構的要求，采取密封措施;無法采取密封措施的，不準過境。發現被污染或危險性病蟲害的，應做衛生除害處理或不準過境。
3、對已在口岸啟封查驗的進境集裝箱，查驗后要施加CIQ封識，出具《集裝箱檢驗檢疫結果單》，并列明所查驗的進境集裝箱原、新封識號。
(四)進境轉關分流的集裝箱
1、指運地結關(轉關)的進境集裝箱，由指運地檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫。口岸檢驗檢疫機構實施口岸登記后，根據集裝箱外表可能傳帶的有害生物種類實施檢驗檢疫，主要檢查有無非洲大蝸牛和土壤等，一般在進境口岸結合對運輸工具的檢驗檢疫、箱體卸運或進入堆場后檢驗檢疫進行。
2、口岸檢驗檢疫機構應將在指運地檢驗檢疫的進境集裝箱的流向等有關資料信息及時通報有關檢驗檢疫機構，以便加強對進境集裝箱的檢驗檢疫和監管工作。有關檢驗檢疫機構應將逃漏檢的情況及時反饋口岸檢驗檢疫機構。
